星辰之路-火帮班
前往东第一区挑战天星队的火帮班，该基地中的宝可梦均为火属性，建议使用水、地面或岩石属性的宝可梦进行挑战。
火帮班基地看守大门的成员会派出25级的戴鲁比与我们进行战斗。
就在准备进入火帮班基地时，聂凯和一个名为炭次郎的宝可梦出现，随后聂凯会前去调查炭次郎，由我们自己先行前往火帮班基地。
将宝可梦调整完毕后敲响大门上的铃铛正式开始挑战。
此处同样需要我们在10分钟内击败30只天星队的宝可梦。
梅洛可得第一只宝可梦是27级的煤炭龟。
将煤炭龟击败后再次与王良四天星队车战斗并将其击败即可战胜火帮班。
战胜梅洛可后获得火帮班徽章和招式学习器【蓄能焰袭】。
从梅洛可处我们得知天星队从来没有计划过袭击学校，但是他们所有人都非常珍视一个名为【天星大作战】的行动。
离开火帮班基地时再次接到来自仙后的电话，得知只要击败所有小队老大后再击败真老大即可彻底解散天星队。
同时我们会再次解锁部分技能学习器的制作配方，并获得牡丹送来的宝可梦材料。
传说之路-潜钢宝主
潜钢宝主位于地图东第3区，潜钢宝主为28级的拖拖蚓，该宝可梦的属性为钢属性，建议使用火、格斗或地面属性的宝可梦进行战斗。
来到目的地后我们可以看到宝主头伸出地面，其余部分均在地面以下，靠近宝主后它会立刻移动变换位置，骑乘故勒顿追赶数次后即可进入战斗。
第一次将宝主击败后它会挖洞离开。
穿过洞穴后即可找到宝主，再次追逐数次后和派帕一起将其击败。
击败潜钢宝主后可以在山洞中找到秘传调味料【秘传：咸味料】。
将咸味料制作成的三明治喂给故勒顿后解锁高跳能力。
长按B键可以跳的更高从而到达一些之前无法跳上的平台了。
獒教父在吃下咸味料三明治后可以发出声音了。
冠军之路-玻瓶道馆
玻瓶道馆位于西第2区的玻瓶市中，该道馆的主人是擅长训练水属性宝可梦的海岱。建议使用电或草属性宝可梦战斗。
来到玻瓶镇的的广场上后可以通过旁边的升降梯到达道馆门口。
来到道馆门口时我们见到一个壮硕的男人离开的道馆，从追出来的工作人员口中我们得知那个男人正是馆主海岱。
而他此时正要前往隔壁小镇进行采购，但却忘记带钱包，因此工作人员希望我们可以帮她把钱包带给海岱。
之后我们需要前往位于海边的渍沁镇。
来到渍沁镇在市场中可以找到海岱和他的大弟子。
海岱的大弟子以为我们是来添乱的，所以向我们发起了宝可梦决斗。他的第一只宝可梦为28级水属性宝可梦浮潜鼬。
第二只宝可梦是28级水属性的铁壁枪虾。
将大弟子击败后误会解除，成功将钱包交给海岱。
随后海岱会交给我们5万块钱让我们帮他买下拍卖会上的拍品作为道馆测验，当价格加到4万时即可成功拍下。
完成测验后回到玻瓶道馆，在八朔老师的介绍下我们认识了另一名天王【辛俐】。
一番交谈后即可前往前台处正式开始挑战馆主海岱。
海岱的第一只宝可梦为29级的轻身鳕。
第二只宝可梦为29级的三海地鼠。
第三只宝可梦为30级的好胜毛蟹，该宝可梦会在出战后通过太晶化变为水属性。
将海岱击败后获得水道馆徽章，此后捕捉40级以下的宝可梦将会有更高的成功率。同时还会获得技能学习器【泼冷水】。
冠军之路-锦汇道馆
接下来我们需要前往西第3区挑战训练一般属性的道馆馆主青木，挑战该道馆时建议使用格斗系宝可梦。
锦汇道馆的测验是在宝食堂点秘密菜单的菜，给我们的提示是【常客的吃法】。
在小镇中可以寻找穿着橘子学院校服的挑战者并在宝可梦对战中战胜他们可以获得更多提示。
学生加奈子的第一只宝可梦为34级的猫鼬探长，第二只宝可梦为34级的藏饱栗鼠。
将其击败后可以获得提示【冰淇淋摊子上的异类】。
在小镇中路边的学生阿翔的宝可梦为34级的土龙弟弟，将其击败后可以获得提示【蓝色鸟宝可梦的声音】。
路口的女学生秋穗的宝可梦为34级的圈圈熊，将其击败后可以获得提示【被楼梯包围的黑暗】。
来到宝食堂中与上班族交谈可以得知常客的配方是【柠檬】。
随后在餐厅入口处和工作人员交谈开始点餐，依次选择【烤饭团】-【两人份】-【大火：大字爆炎】-【柠檬】即可成功完成测验。
随后旁边的餐桌变为宝可梦对战场地，我们发现刚刚打听情报的常客就是道馆馆主，他的第一只宝可梦是35级的树枕尾熊。
第二只宝可梦是35级的土龙节节。
道馆馆主的第三只宝可梦为35级的姆克鹰，该宝可梦会在太晶化后变为一般属性。
将青木击败后获得一般道馆徽章，此后捕捉45级以下的宝可梦会更加轻松，同时还会获得招式学习器【硬撑】。
在离开道馆时再次见到联盟会长也慈和妮莫再次出现，并且妮莫会邀请我们进行宝可梦对战。
妮莫的第一只宝可梦是36级的鬃岩狼人。
第二只宝可梦为36级的黏黏宝。
第三只宝可梦为36级的土布拨。
妮莫的最后一只宝可梦为37级草属性的魔幻假面喵，在战斗时会进入太晶化状态，太晶化后的属性同样为草属性。
赢得对战胜利后会从也慈处获得技能学习器【太晶爆发】作为奖励。
此后我们可以在探险时收集各种属性的太晶碎块，并在宝食堂的柜台处通过该材料来转换宝可梦的太晶属性。
首次与宝食堂厨师交谈可以获得50个一般属性的太晶碎块。
星辰之路-毒帮班
毒帮班的基地位于东西3区的印记树林中，该首领建议使用地面或超能力属性的宝可梦进行挑战。
在毒帮班基地前我们会被一个自称秋明同胞的学生拦住去路，随后进入宝可梦对战。
该敌人的第一只宝可梦为30级的溶食兽。
第二只宝可梦为31级的滋汁鼹，将两只宝可梦全部击败后即可敲响铃铛挑战基地。
在10分钟内击败30只天星队的宝可梦。
战胜天星队手下后与秋明战斗，他的第一只宝可梦为32级的坦克臭鼬。
第二只宝可梦为33级的普隆隆姆。
第三只宝可梦为32级的臭臭泥。
最后击败策星天星队车即可击败秋明。
击败秋明后获得毒帮班的团队徽章。
通过秋明使得校长的调查距离真相更进一步。
