在三国志战略版中，合理搭配主将和副将是获得战场胜利的关键。在组建军队时，首先应当区分武将的分类。游戏中的武将大致可分为：武力型、智谋型、和全能型。武力型主要以近战输出为核心，智谋型擅长策略和辅助，而全能型则介于两者之间，既能打也能辅。
在配置军队时，玩家需要选出一位主将和一到两位副将。主将通常充当队伍核心，掌握更强的战斗技能和指挥能力。副将则提供辅助，增强队伍的整体战斗力。值得一提的是，技能搭配是决定胜败的重要因素。主将的技能多以强攻和持续输出为主，而副将的技能则偏向于策略、防守或治疗。
战场的不同需求对主副将的选择有着决定性影响。在面对需要快速突破的地图时，应当配置擅长冲锋和突击的武将为主将，例如赵云、张飞等；而在受到持续围攻的場景中，放在前线的则更多应该是防御力强大的将领，如关羽、夏侯惇等。
考虑到武将间的技能配合，如主将技能是增强己方攻击力，那么副将就应选择拥有减益敌方或增益己方辅助技能的武将，形成互补。比如，配合主将典韦使用强力攻击，副将可以选择诸葛亮来使用智慧掌控战场，规避不利局面。
游戏中，不同武将擅长指挥不同的兵种。主将和副将的兵种选择应该相互配合，共同构建起一个均衡或者偏向某方面的军队。若主将是步兵类将领，副将可搭配一位马兵类将领来弥补步兵的机动性不足。
游戏中武将还分属不同阵营，同阵营的主副将在一起作战时，会因其历史渊源而有更高的默契度，获得额外的属性加成。
曹操作为一个全能型的将领，既可以作为输出也可以统帅部队。辅以智谋型的司马懿和荀彧可以制定出完善的战术纵深，加强战斗的策略性。
关羽的顽强防御力将主线抵挡敌军的进攻，而张飞和黄忠提供安全的火力支援，构成坚实的防线。
诸葛亮的高智谋和控场能力可以制定战术，赵云提供灵活的突袭和输出，庞统辅以治疗和防护，形成高效率的作战团队。
在游戏的不同阶段，玩家可能需要根据自己手中的武将卡以及面对的战斗情况不断调整主将副将的配置，灵活应变是提高胜率的必备素质。
三国志战略版除了主将副将的搭配之外，还涉及城池发展、资源管理等多个战略层面。玩家在熟悉主副将搭配的也不应忽视这些游戏维度，只有全方位的发展才能在三国的世界中立于不败之地。游戏中的主将与副将搭配并非一成不变，而是要根据战场形势、敌我双方的配置以及自身拥有的武将资源来进行调整。
