巴别号漫游指南不同于大多数游戏中的使命感和动容心魄的诀别戏，整个巴别号的故事舞台分为基调显得十分朴素，船员们要捕捞吞噬人类灵魂的飞豚，再将它们肚子里的一个一个死亡的人类灵魂取出，给每个人发配背包安排大家领取指南，购买喜欢的饮品再给它们的灵魂称重，清除记忆和提炼记忆等等，就像一套固定好的流水线一样。
而船员们自己也有自己的生活，喜欢的人、摸鱼的员工、有藏起来的私房钱、有各自爱吃的菜，甚至会在干完最后一单活之后偷偷在甲板上开派对，或者齐聚一堂一起去听人气超高的乐队现场。
故事就伴随着一场突入起来的季风风暴开始，登录巴别号的父女似乎并没有表面关系那么简单，父亲似乎还向女儿隐瞒了它们已经死亡的真相，巴别号上的厨师长为了找到最强的配方而绞尽脑汁。
警卫队长忙着和乌鸦队周旋的同时不断追查逃亡的父女，误入季风中心的飞行员竟以活人的身份登上了巴别号，于此同时还出现了一些不想前往来世的亡者和由亡者构成的似乎正在密谋着什么巨大阴谋的鉴赏家协会。
整个游戏的主要故事正分为这四组人物，并以乱序的形式彼此穿插在一起，支离破碎又井井有条，互相嵌套又彼此呼应，这和蝴蝶效应一样，人物A可能无意间拿起的一瓶水很有可能会导致人物C的某段故事线陷入极大的窘境之中。
尽管每件事情都很自然很普通，平平无奇，就像一阵风一样吹过去便散了，但无数个不起眼的风则会交织在一起，爆发出巨大力量的同时掀起地板下那些不为人知的秘密。
但别忘了，这除了是一个剧情游戏以外还是一个冒险游戏，并非点点点的视觉小说，在游戏中可以用巴别号漫游指南去操控不同的角色完成它们当下所要做的事，同时反复穿梭在不同角色的多个时间段中，不断去找到导致当前问题的根源，也就是一切事件最初的那个小小的蝴蝶翅膀。
除了推导出蝴蝶以外还可以进入特定的舞台中利用漫游指南去改写某个事物的状态来作弊式的从根源上解决问题，引发一系列托米诺骨牌的倒塌从而解开挡在玩家面前的锁。这种玩法虽然类似于美好世界，但是有一个独特的点，就是极强的引导，一步一步缜密的仔细引导玩家进行推理并且复盘。
