在 2001 年的 9/11 事件发生后，小岛秀夫差点就取消了《合金装备2》，并从科乐美（Konami）辞职。如果他当初辞职，也许之后就不会发生《P.T.》以及 Fox Engine 开发引擎纠纷等一系列的事件，而他也许会走上完全不同的一条路。
之所以想要取消《合金装备2》，是因为游戏的结局好巧不巧和 9/11 有所重叠。在游戏的结尾，巨大的移动潜水堡垒 ArsenalGear 因 AI 失控撞入了曼哈顿。最终游戏中并没有坠毁的片段，只有 ArsenalGear 在海面上高速移动，随后它停在纽约废墟上的画面。但是多年以来一些幕后细节表明，在 9/11 之后，开发团队删除了 Arsenal Gear 撞入城市的场景。
在《东洋经济周刊》的采访中，小岛表示：“游戏的主题以及描述，及其与 9/11 现实世界事件的众多相似之处，使其不适合在当时发布。在咨询律师后，最终结论是游戏需要修改300 处。不用说，我们进入了危机模式，因为它威胁到了游戏的发布和销售。”
小岛称他随后被叫去科乐美的董事会开会，向他们解释《合金装备2》的细节。他回忆道：“每个人的脸上都有一种‘这有点糟糕’的表情。”
当时，小岛认为“游戏不应该在这个时间段发布，我别无选择，只能负起责任，从公司辞职”。两个人改变了小岛的想法，其中一个是当时索尼电脑娱乐公司总裁久多良木健，他告诉小岛：“这不是你应该感到羞耻的事情。你应该继续发布游戏。”
小岛还“通过邮件联系了科乐美的创始人上月景正”。上月回复道：“我已经下定决心了。游戏应该发布。你有什么想法？”小岛表示自己被这句话所感动，因此也下定决心发布游戏。
最终，游戏虽然发布时间“被推迟了几周”，但《合金装备2》依然于 2001 年 11 月发布。在我们的时间线里，小岛得以推出了一部至今仍然深受粉丝喜爱的经典。
实际上在 9/11 后受到影响的游戏不止有《合金装备》。《GTA3》的自由城警车设计也在事件后进行了修改，使其看起来不会太像真正的纽约警车。PS1上的《蜘蛛侠2》关卡“Enter Electro”也因其发生在世界贸易中心楼顶而被更改，并被设定为最终关卡。
